Китобойная база «Юрий Долгорукий» представляет из себя настоящий плавучий завод, обеспечивающий приемку, разделку и переработку китов, добытых китобойными судами, хранение и частичную транспортировку продукции. Технологическое оборудование базы запроектировано из расчета переработки за сутки 60 китовых туш общим весом до 3000 тонн. При полной загрузке производства на разделочную палубу могут поступать китовые туши весом в десятки тонн через каждые 22 минуты…Заметим, кстати, что первый крупный кит, добытый флотилией «Алеут» в 1932 году, разделывался около двух суток, ... для переработки сырца, добываемого за один рейс, береговому мясокомбинату большой мощности потребовалось бы пять лет.

4 октября 1961 г. в Москве состоялось совещание по вопросу развития китового промысла. На совещании присутствовали капитаны-директора китобойных флотилий: «Юрий Долгорукий», «Советская Россия», «Советская Украина», «Слава». Перед китобойным флотом была поставлена задача увеличения продовольственных ресурсов страны за счет использования мяса китов.

С 1 августа 1963 г. Управление Калининградской Антарктической китобойной флотилии стало называться Калининградской базой Антарктической китобойной флотилии.

21 октября 1960 г. китобаза «Юрий Долгорукий» с 7-ю китобойными судами вышла в первый промысловый рейс. Позже к экспедиции присоединилось еще несколько судов. Таким образом, в первой Антарктической китобойной экспедиции участвовало 18 китобойных судов, а продолжалась она до мая 1961 г. По количеству «условных синих китов», добытых китобойными флотилиями, участвовавшими в антарктическом сезоне 1960-1961 гг., китобойная флотилия «Юрий Долгорукий» обогнала флотилии Норвегии и Англии. Ее улов составил 745 условных единиц. Основная задача, стоявшая перед китобойной флотилией, – добыча китов в районе Антарктики и выработка китового жира, кормовой муки, концентрата витамина «А» в жире, заготовка мороженого мяса и печени, кашалотового кожевенного сырья. Современное оборудование позволяло направлять на переработку до 96 процентов сырца от каждой туши, не затрагивая переработкой лишь китовый ус и кишечник.

В 1962 г. на базе Балтрыбтреста было организовано Калининградское производственное управление рыбной промышленности (КПУРП). Управление Калининградской Антарктической китобойной флотилии перешло в подчинение КПУРП. В соответствии с Международной конвенцией по регулированию китобойного промысла, обязывающей всех стран-участниц проводить параллельно с промыслом биологические исследования, в экспедиции приняла участие группа ученых БалтНИРО. Позже научно-исследовательские группы сопровождали все китобойные экспедиции.

На основании приказа Главного управления рыбной промышленности Западного бассейна «Об упрощении структуры управления промышленностью в Западном рыбопромышленном бассейне» от 14 мая 1970 г. № 135 и приказа по Калининградскому производственному управлению рыбной промышленности от 26 мая 1970 г. № 122 Калининградская база Антарктической китобойной флотилии 1 июня 1970 г. ликвидирована как самостоятельное предприятие. Китобаза «Юрий Долгорукий, 15 китобойных судов, 2 тунцеловные базы и, соответственно, задачи китобойного и тунцеловного промысла были переданы Калининградской базе экспедиционного флота.

С 1960 по 1970 гг. Калининградская база Антарктической китобойной флотилии успешно провела 10 промысловых экспедиций. С каждым очередным рейсом флотилия набиралась опыта, и уже в третьем промысловом рейсе стала инициатором внедрения прогрессивных методов ведения лова. Так, некоторые китобойные суда стали принимать на свой борт разведывательные вертолеты, что дало возможность увеличить радиус поиска скоплений китов в 4-5 раз. Под научные исследования было выделено специальное судно, члены команды которого проводили работы по изучению возраста и видов китов, их повадок, кормовой базы, миграционных путей и т.д. Инженеры-технологи занимались разработкой новых технологий переработки китового мяса.

В 1967 г. база приобрела две тунцеловные базы: «Яркий луч» и «Солнечный луч», организовала промыслы тунца в районе Гвинейского залива, а также производство консервов из тунцовых пород рыб. Добыча тунца за одни промысловые сутки в среднем составляла 100-200 центнеров, выпуск готовой продукции (консервов) – около 60 тыс. банок.